Studii recente au arătat că utilizat abuziv, la temperaturi joase şi fără a fi întreţinut corespunzător, aerul condiţionat declanşează multe probleme de sănătate ducând chiar şi la apariţia kilogramelor în plus, motivul principal fiind acela că organismul nu depune efort pentru a atinge temperatura optimă.
Printre afecţiunile provocate de aerul condiţionat cele mai frecvente sunt bolile respiratorii, migrenele, faringitele, răguşeala, conjunctivita, infecţii ale urechii şi chiar obezitatea. Deşi creează impresia de aer curat, rece, proaspăt, în realitate aceste sisteme nu aduc aer proaspăt, ci menţin concentraţia de poluanţi din încăpere şi împrăştie bacterii, virusuri. Specialiştii recomandă precauţie în utilizarea lor, curăţarea frecventă şi evitarea amplasării acestora în camerele copiilor, cei mici fiind expuşi unui pericol mai mare.